根据初步临床诊断和待测细菌的类型，可以选择不同的环境条件在细菌恒温恒湿培养箱中进行培养。通常使用有氧培养，二氧化碳培养和厌氧培养。为了提高测试的准确性，经常同时使用两种或三种不同的培养方法。
一、有氧培养是临床细菌室常用的培养方法，适合一般有氧和兼性厌氧菌的培养。将接种的平板，斜面和液体培养基在35℃培养箱中培养18-24h。一般细菌可以在培养基上生长，但是一些难以生长的细菌需要培养更长的时间。另外，有些细菌可以在28℃?30℃下生长，例如鼠疫耶尔森氏菌，甚至在4℃时也可以生长，例如李斯特菌。
二、在二氧化碳培养法中，必须将某些细菌恒温恒湿培养箱中的细菌*置于5％-10％CO2环境中才能生长良好，例如脑膜炎奈瑟氏菌，淋病奈瑟氏菌，牛布鲁氏菌等。通常以以下方式提供。
1.二氧化碳培养箱：可调节二氧化碳含量和所需温度。CO2从钢瓶通过培养箱的CO2，通过输送管进入培养箱，调节所需的CO2，并在浓度自动控制器后将接种的培养基直接放入培养箱进行培养。
2.蜡烛罐方法：将接种的培养基放入干燥器中，然后将蜡烛放入其中。干燥器盖的边缘涂有凡士林。几分钟后，蜡烛灯熄灭了。此时，干燥器中的CO2含量为约5％?10％。然后将干燥机放入35℃的培养箱中进行培养。培养时间通常为18-24小时，并且一些菌株需要培养3-7天或更长时间。
3.化学方法：按每升的体积向容器中加入0.49ml碳酸氢钠和0.35ml浓盐酸。将容器和接种的培养基放入干燥机中，关闭干燥机的盖子，倾斜容器使浓盐酸与碳酸氢钠接触形成CO2。
三、厌氧培养法。它适合在细菌恒温恒湿培养箱中培养特定的厌氧菌和兼性厌氧菌。常用的厌氧培养方法如下：
方法：泡罩介质法；焦没食子酸法;厌氧罐法气囊法厌氧培养箱法。
